A Presidência do TRF3 tem funções administrativas e jurisdicionais, definidas pelo Regimento Interno da Corte. Cabe à Presidência, por exemplo, a gestão administrativa e a sua representação perante outros órgãos, Poderes e autoridades.

Algumas competências são: dirigir os trabalhos do Tribunal; presidir as sessões plenárias e convocar sessões extraordinárias do Plenário; proferir voto de qualidade no Plenário; criar comissões permanentes ou temporárias, designando seus membros; assinar cartas rogatórias; e decidir os pedidos de suspensão da execução de medida liminar ou de sentença, em mandado de segurança.

Durante o recesso, compete ao Presidente decidir pedidos de liminar em mandado de segurança, podendo determinar liberdade provisória ou sustação de ordem de prisão, além de medidas urgentes de caráter jurisdicional ou administrativo, sujeitas estas ao referendo do órgão competente.

O Presidente do TRF3 integra, juntamente com os presidentes dos outros quatro TRFs e ministros do Superior Tribunal de Justiça (STJ), o Conselho da Justiça Federal (CJF), órgão responsável pela supervisão administrativa e orçamentária da Justiça Federal.