A Corregedoria Regional foi criada juntamente com o nascimento do Tribunal Regional Federal da 3ª Região, por ocasião do Ato das Disposições Constitucionais Transitórias, de 1988, artigo 27, §§ 6º e 7º, cuja composição inicial, bem como instalações foram previstas na Lei nº7.727, de 1989.

Na data de inauguração do TRF/3ª Região, foram empossados os juízes (hoje denominados desembargadores federais) Célio Benevides de Carvalho, Sebastião de Oliveira Lima, Milton Luiz Pereira, Aricê Moacir Amaral dos Santos, Lúcia Valle Figueiredo Collarile, Pedro Rotta, Américo Lourenço Masset Lacombe, Jorge Tadeo Flaquer Scartezzini, Fleury Antonio Pires, José Kallás, Homar Cais, Anna Maria Pimentel, Márcio José de Moraes , João Grandino Rodas, Ana Maria Goffi Flaquer Scartezzini, Edgar Silveira Bueno Filho, Diva Prestes Marcondes e Rômulo de Souza Pires.

Naquela ocasião, o Regimento Interno da Corte previa que o Vice-Presidente acumularia as funções de Corregedor, o que foi posteriormente alterado pela Emenda Regimental nº 01, de 25 de março de 1993, criando-se uma Corregedoria independente da Vice-Presidência.

Nos biênios que se seguiram, a Corregedoria do TRF/3ª Região foi assumida pelos seguintes Desembargadores Federais, a saber:
 

Desembargador Federal Nelton dos Santos - 2024/2026

Desembargador Federal David Diniz Dantas - 2023/2024

Desembargador Federal Luiz Stefanini - 2022/2022

Desembargadora Federal Marisa Santos - 2020/2022

Desembargador Federal Carlos Muta - 2018/2020

Desembargadora Federal Therezinha Cazerta - 2016/2018

Desembargadora Federal Therezinha Cazerta - eleita em junho/2015 - mandato complementar

Desembargadora Federal Marisa Ferreira dos Santos - em exercício 2015

Desembargadora Federal Maria Salette Camargo Nascimento - 2014/2015

Desembargador Federal Fábio Prieto de Souza - 2012/2014

Desembargadora Federal Suzana Camargo - 2010/2012

Desembargador Federal André Nabarrete – 2007/2010

Desembargadora Federal Marli Ferreira – 2005/2007

Desembargador Federal Baptista Pereira – 2003/2005

Desembargadora Federal Diva Malerbi – 2001/2003

Desembargadora Federal Anna Maria Pimentel – 1999/2000

Desembargador Federal Márcio Moraes – 1997/1999

Desembargador Federal José Kallás – 1995/1997

Desembargador Federal Jorge Scartezzini – 1993/1995

Desembargador Federal Américo Lacombe – 1991/1993 (Vice-Presidente e Corregedor-Geral)

Desembargador Federal Homar Cais – 1989/1991 (Vice-Presidente e Corregedor-Geral)