A Escola de Magistrados da Justiça Federal da Terceira Região - EMAG - foi instituída em 1991, por iniciativa do então Presidente do Tribunal, Desembargador Federal Homar Cais, e de seu primeiro Diretor, Desembargador Federal José Kallás. Sua criação deu-se em conformidade com o artigo 93, IV, da Constituição Federal de 1988, que prevê cursos oficiais de preparação e aperfeiçoamento de magistrados como etapa obrigatória para o ingresso na carreira, vitaliciamento e promoção.
Com a Emenda Constitucional nº 45/04, as Escolas de Magistratura assumiram um papel de destaque na formação dos juízes. A participação em cursos de aperfeiçoamento, oficiais ou reconhecidos, passou a ser obrigatória no processo de vitaliciamento. (Escola Nacional de Formação e Aperfeiçoamento de Magistrados-ENFAM).